Constituem princípios orientadores da programação os seguintes:
Os novos Programas Estratégicos de Cooperação (PEC) decorrem de um processo de aperfeiçoamento, contemplando entre outras medidas um calendário de execução claro, concentração de áreas de atuação e respetivos projetos, aposta em projetos sustentáveis que incluam estratégias de saída, inclusão de um envelope financeiro indicativo, de indicadores de base, objetivos e resultados mensuráveis, bem como uma clara ligação à implementação dos compromissos relativos aos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável (ODS). Os programas e projetos devem ter em conta as prioridades nacionais definidas nos planos de desenvolvimento e documentos estratégicos do país parceiro, e a intervenção dos outros parceiros / doadores.
Tendo em conta o objetivo transversal de apostar na capacitação humana e institucional e de promover relações próximas entre Administrações Públicas, também como forma de identificar oportunidades de diplomacia política, económica e cultural, serão favoravelmente considerados projetos de formação em Portugal ou nos países parceiros, e a colocação de agentes junto de ministérios homólogos em missões de assistência técnica em todas as áreas.
No processo de programação as avaliações dos anteriores programas bilaterais tem um papel central.
Para além da cooperação bilateral, de que os PEC são o documento de programação por excelência, são consideradas de forma proactiva as oportunidades de parceria, nomeadamente com a União Europeia – na modalidade de cooperação delegada ou outras -, e o financiamento de projetos com recurso ao blending através da SOFID.
As questões do género e a promoção de parcerias, incluindo com o setor privado, deverão ser transversais a todos os programas / projetos.